Los excrementos son la manera más segura de determinar la presencia de rata de agua. De hecho, es el único indicio fiable de su presencia. Son muy característicos: tienen forma de barrilete, con los dos extremos redondeados y de tamaño semejante. La longitud ronda en torno a 1 cm y el ancho es de 4 mm. Si se deshacen, el interior está formado siempre de restos vegetales muy triturados (es excepcional encontrarse un trozo de hierba de 1 mm) siendo una masa de "barro" vegetal. Suelen ponerlos a lo largo de los caminos por los que circulan, pero sobre todo en las letrinas que construyen en los cruces de caminos, bordes de acceso al agua, o en lugares prominentes.
Generalmente lo primero que veremos cuando lleguemos a una colonia de rata de agua son los caminos. Estos suelen ser muy conspicuos, claramente marcados, con el suelo despejado de vegetación y generalmente cubiertos por la misma, de forma que para poder verlos hay que apartar esta vegetación. El camino lo hacen por el pisoteo (de hecho es raro que circulen entre la vegetación fuera de los caminos) y a un mantenimiento llevado a cabo por las ratas de agua, pues cortan la vegetación que crece en el mismo. Debemos pensar que estos caminos son la clave de la supervivencia de los animales; su perfecto conocimiento les permite circular por ellos a gran rapidez para huir de los depredadores.
En lugares donde el agua sea somera, podremos también observar caminos realizados por las ratas de agua en su tránsito por estas zonas inundadas.
La red de caminos llega a las galerías subterráneas, donde las ratas de agua tienen sus nidos y los lugares donde se refugian cuando no se encuentran activas. Generalmente se encuentran en las zonas más protegidas entre la vegetación o en el borde de un río. Las entradas se encuentran abiertas al exterior, situándose la tierra de la excavación de la galería en la entrada, a modo de escombrera. Si la entrada está en el borde de un río, la tierra puede haber desaparecido, pero sino esta en el borde del agua esta puede llegar a suponer un acúmulo importante.
Las ratas de agua ingieren una elevada cantidad de alimento diaria (en torno al 80% de su peso). La forma de alimentarse es cortando trozos de vegetación que cogen con las manos y se los llevan a la boca. Ello hace que siempre quede un trozo que no llegan a comerse y que tiran en el lugar en el que lo están comiendo, acumulándose varios trozos. Estos restos de alimentación son bastante característicos y aparecen a lo largo de los caminos. Tienen el extremo cortado en bisel, aunque hay más herbívoros que producen este tipo de corte, suelen ser un indicio bastante evidente, pero siempre hay que confirmarlo con la localización de excrementos. En época estival también pueden excavar en las orillas para roer rizomas de helófitos.
Por último, un indicio poco visible y nada definitivo son las huellas. Como hemos dicho, generalmente las ratas de agua circulan siempre por los mismos caminos por lo que individualizar una huella resulta dificultoso. Cuando estas se observan se puede apreciar que las huellas de los pies marcan 5 dedos y las de las manos 4, aunque son indiferenciables de las de cualquier otro roedor de tamaño similar.
...un lugar donde hablar de ratas de agua